В условиях явного кризиса профсоюзов, связанного с развалом СССР, на фоне подъема рабочего движения, в марте 1990 года в Москве был созван внеочередной XV съезд профсоюза угольщиков на котором, впервые за всю историю профсоюзного движения, работа ЦК профсоюза была признана неудовлетворительной. Съезд сделал заметные шаги в сторону перестройки профсоюза. Был принят новый устав. В нем появилось положение о независимости профсоюза от государственных, хозяйственных и партийных организаций, и о его неподотчетности им. За первичными организациями признавалось право самостоятельно решать вопросы своей деятельности, структуры, расходования финансовых ресурсов. По предложению Воркутинской делегации съезд изменил название профсоюза, приведя его в соответствие с реальным составом: профсоюз рабочих угольной промышленности был переименован в профсоюз работников угольной промышленности.
На съезде было принято решение о созыве I съезда шахтеров СССР. В резолюции съезда отмечалось: «I съезд шахтеров СССР, выражая общую волю делегатов, подчеркивает полную независимость рабочих организаций угольной промышленности от любых политических образований… наше стремление к независимости определяет и отношение к КПСС».
Важнейшей страницей в летописи профсоюзного движения России в постсоветский период стало проведение Учредительного съезда профсоюзов РСФСР в 1990 году, провозгласившего создание Федерации независимых профсоюзов России.
К 1991 году Независимый профсоюз работников угольной промышленности (НПРУП) действительно стал независимым. На сегодняшний день Независимый Профсоюз Работников Угольной Промышленности России (Росуглепроф) является самой большой и самой авторитетной профсоюзной организацией. Действуя в условиях рыночных отношений, ФНПР выдвинула в качестве приоритетного направления своей деятельности содействие развитию системы социального партнерства в стране и выступила инициатором создания на федеральном уровне российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений (профсоюзы, работодатели и Правительство РФ).